Mycobacterium tuberculosis complex nucleic acid identification [Real-time PCR]（Suspended beyond orders placed 03-29-2019）

TOP
microbiological test
Nucleic acid amplification test
Mycobacterium tuberculosis complex nucleic acid identification [Real-time PCR]（Suspended beyond orders placed 03-29-2019）

Laboratory：Akiruno

○Mycobacterium tuberculosis complex nucleic acid identification [Real-time PCR]（Suspended beyond orders placed 03-29-2019）

CODE：50148A1

TEST NAME TESTING MATERIAL CONTAINER CAP COLOR STORE
TEMPERATURE
(STABILITY) METHODOLOGY TURNAROUND
TIME (DAY)
Mycobacterium tuberculosis complex nucleic acid identification [Real-time PCR]（Suspended beyond orders placed 03-29-2019）
Specimens such as sputum, bronchial lavage fluid, gastric juice, midstream urine, pleural effusion (Please contact us for inquiries other than those listed above.)
See below
real-time PCR
Real-time PCR
It is a type of nucleic acid amplification methods based on PCR method as the basic principle, which is a measurement method that, by using oligonucleotides that emit fluorescence when degraded, enables quantitative of target nucleic acids in real time by confirming the fluorescence signals in each PCR cycle.
2-4

COMMENT

Please submit a sufficient amount of sample (detection sensitivity will decrease if the sample amount is small). Please avoid submitting as a swab as this may result in a false negative result due to the extremely small amount of sample.

supplementary information

抗酸菌検査フローチャート

検査材料および採取方法

	検査材料	検体量	容器	保存	採取方法
抗酸菌	喀痰	2～3mL	X00 滅菌喀痰採取容器		上気道・口腔内常在菌により、できるかぎり汚染されないように滅菌喀痰採取容器に採取し、直ちに冷蔵保存してください。 (患者に充分説明し、うがいにより清潔にした後に、咳によって深部から喀出された、しかも唾液混入の少ない喀痰を採取してください。)
	便	小指頭大	ARR 滅菌ポリスピッツ		適量を無菌的に採取し、滅菌ポリスピッツに入れ冷蔵保存してください。・便の塗抹鏡検は実施しておりません。
	胸水腹水胃液	各5～10mL	ARR 滅菌ポリスピッツ		各サンプルを無菌的に採取し、滅菌ポリスピッツに入れ、直ちに冷蔵保存してください。・一般細菌を同時に依頼される場合は嫌気ポーターをご使用ください。
	部分尿	5～10mL	ARR 滅菌ポリスピッツ		無菌的に採取し、滅菌ポリスピッツに入れ、直ちに冷蔵保存してください。
抗酸菌核酸同定	喀痰	2.0mL	X00 滅菌喀痰採取容器		核酸同定検査ではコンタミネーションの影響が大きくなりますので検体採取にあたっては、取扱いに充分ご注意ください。上気道・口腔内常在菌により、できるかぎり汚染されないように採取し、冷蔵で提出してください。

〔留意事項〕

検査材料は、外部に漏れないように完全に密封してご提出ください。
呼吸器の材料でマイコプラズマの検出には検体を凍結してください。(この場合、一般細菌、抗酸菌検査は実施できません。)
嫌気性菌を検出する場合は嫌気ポーターを使用して、できるだけ空気に触れないように速やかに採取してください。
抗酸菌検査において、血液、骨髄液の各材料およびカルチャーボトルでの提出はお受けできません。
緊急連絡
1. (1) 検査材料が血液および髄液の場合は、菌が検出された場合に直ちにご連絡いたします。
2. (2) 「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」(感染症法) において、二類感染症、三類感染症に分類される細菌が分離された場合は材料を問わず直ちにご連絡いたします。
3. (3) 抗酸菌塗抹鏡検において、抗酸菌が認められた場合は、直ちにご連絡いたします。

ご依頼の際は、必ず材料・由来を明記してください。

	分類 (由来)	材料	検体量	容　器	保存
一般細菌	口腔・気道・呼吸器	喀痰	2～3mL	X00 滅菌喀痰採取容器		上気道・口腔内常在菌により、できるかぎり汚染されないように滅菌喀痰採取容器に採取し、直ちに冷蔵保存してください。 (患者に充分説明し、うがいにより清潔にした後に、咳によって深部から喀出された、しかも唾液混入の少ない喀痰を採取してください。)
	口腔・気道・呼吸器	咽頭粘液	適量	VS1 eSwab105 レギュラーFLOQスワブ		eSwab105 レギュラーFLOQスワブの綿棒で咽頭をこすって、粘液を採取し、直ちに付属のアミーズ培地に無菌的に入れ、速やかに冷蔵保存してください。
	消化管	便	適量	VS1 eSwab105 レギュラーFLOQスワブ		eSwab105 レギュラーFLOQスワブを用い適量の便を採取し付属のアミーズ培地に無菌的に入れてください。・クロストリジウムデフィシルの検査には嫌気ポーターを使用してください。・便の塗抹鏡検は実施しておりません。
	消化管	胆汁 (A・B・C) 胃液十二指腸液	各5～10mL	C10 嫌気ポーター		無菌的に採取し、嫌気ポーターに速やかに注入し、直ちに冷蔵保存してください。
	泌尿器・生殖器	部分尿尿管カテーテル膀胱カテーテル	各5～10mL	ARR 滅菌ポリスピッツ		・無菌的に採取し、滅菌ポリスピッツに入れ、直ちに冷蔵保存してください。・淋菌の検索を目的とする場合は室温保存してください。・トリコモナスの検索を目的とする場合は室温保存してください。
	泌尿器・生殖器	前立腺液腟分泌物膿	各適量	VS1 eSwab105 レギュラーFLOQスワブ		eSwab105 レギュラーFLOQスワブの綿棒で適量を採取し、付属のアミーズ培地に入れ、直ちに冷蔵保存してください。・淋菌の検索を目的とする場合は室温保存してください。・トリコモナスの検索を目的とする場合は室温保存してください。
	血液・穿刺液	動脈血静脈血	各3～10mL (最適量8～10mL)	CBG、CBS カルチャーボトル		カルチャーボトル好気性菌用CBS、嫌気性菌用CBGの2本にそれぞれ3～10mLの血液を無菌的に注入し、緩やかに転倒混和し、室温保存してください。フラン器での保存は検査結果に影響を与えます。
		髄液腰椎穿刺液	各3～5mL	C10 嫌気ポーター		3～5mLのサンプルを無菌的に採取し、嫌気ポーターに速やかに注入し、室温保存してください。
		胸水腹水関節液	各5～10mL	C10 嫌気ポーター		5～10mLの各サンプルを無菌的に採取し、嫌気ポーターに速やかに注入し、直ちに冷蔵保存してください。
	その他	耳漏	適量	VS1 eSwab105 レギュラーFLOQスワブ		eSwab105 レギュラーFLOQスワブの綿棒で適量を無菌的に採取し、付属のアミーズ培地に入れ、直ちに冷蔵保存してください。
		皮膚爪毛髪	各適量	ARR 滅菌ポリスピッツ		各適量を無菌的に採取し、滅菌ポリスピッツに入れ、直ちに冷蔵保存してください。・真菌検査のみ実施いたします。
		組織膿	各適量	C10 嫌気ポーター		各サンプルを綿棒で無菌的に採取し、嫌気ポーターに速やかに入れ、直ちに冷蔵保存してください。
	他	便 (CDトキシン(GDH))	1.0g	F00 糞便容器		単独の検体にてご依頼ください。

微生物学的検査　専用輸送容器・輸送培地一覧

分類	材料	検体量 (mL)	保存条件	採取容器
口腔・気道・呼吸器	喀痰	2 ～ 3 5 ～ 7		X00	滅菌喀痰採取容器
口腔・気道・呼吸器	咽頭ぬぐい液	適量		VS1	eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
消化管	便	適量		F01 VS1	キャリブレアー採便管 eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
	胆汁	5 ～ 10		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
	胃液	2 ～ 3 5 ～ 10		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
泌尿器・生殖器	中間尿	5 ～ 10		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
	カテーテル尿	5 ～ 10		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
	腟分泌物	適量		VS1	eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
	膿	適量		VS1	eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
血液・穿刺液	静脈血	最適量 8 ～ 10		CBG CBS B6	血液カルチャーボトル
	動脈血	最適量 8 ～ 10		CBG CBS B6	血液カルチャーボトル
	髄液	2 ～ 3 3 ～ 5		C10 B7	嫌気ポーター
	胸水	5 ～ 10		C10 B7	嫌気ポーター
	腹水	5 ～ 10		C10 B7	嫌気ポーター
	関節液	5 ～ 10		C10 B7	嫌気ポーター
その他の部位	耳漏	適量		VS2	eSwab106 ミニチップFLOQスワブ
	その他の部位	眼脂	適量		VS1	eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
		皮膚	適量		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
		爪	適量		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
		組織	適量		ARR XR	滅菌スピッツ10mL用
		膿	適量		C10 B7	嫌気ポーター
他	環境材料	-		C30	スタンプ培地 (院内環境検査用)
	環境材料	-		VS1	eSwab105 レギュラーFLOQスワブ
	胃生検組織	適量		C20	シードチューブHP (ヘリコバクター培養同定用)
	便	1.0g		F00	糞便容器
他	胃生検組織	適量		C20	シードチューブHP (ヘリコバクター培養同定用)
他	便 (CDトキシンAB)	1.0g		F00	糞便容器 (CDトキシンAB専用)

ARR 　旧容器記号 r A

滅菌ポリスピッツ 10mL用

貯蔵方法：室温

CBG 　旧容器記号 m1

血液培養ボトル (嫌気用)

抗生物質吸着中和剤入
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から9ヵ月
最適量：8～10mL (許容範囲 3～10mL)

CBS 　旧容器記号 q1

血液培養ボトル (好気用)

抗生物質吸着中和剤入
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から9ヵ月
最適量：8～10mL (許容範囲 3～10mL)

CBJ　旧容器記号 c1

血液培養ボトル (小児用)

抗生物質吸着中和剤入
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から9ヵ月
採取量：1～3mL

C10 　旧容器記号 n

嫌気ポーター嫌気培養用

内容：寒天培地 1.2mL　ブドウ糖　CO₂ガス充填
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から2年

C20 　旧容器記号 n2

シードチューブHP (ヘリコバクター培養同定用)

貯蔵方法：冷蔵
有効期間：製造から3ヵ月

C30 　旧容器記号 n3

スタンプ培地　院内環境検査用

貯蔵方法：冷蔵
有効期間：製造から4ヵ月

F00 　旧容器記号 U

糞便容器

貯蔵方法：室温

F01 　旧容器記号 d3

キャリーブレア採便管

貯蔵方法：室温
有効期間：製造から6ヵ月

VS1 　旧容器記号 k

eSwab105 レギュラーFLOQスワブ

内容：アミーズ培地 1mL
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から1年3ヵ月

VS2 　旧容器記号 k1

eSwab106 ミニチップFLOQスワブ

内容：アミーズ培地 1mL
貯蔵方法：室温
有効期間：製造から1年3ヵ月

X00 　旧容器記号 l (スモールエル)

滅菌喀痰採取容器

貯蔵方法：室温

X00　旧容器記号 l (スモールエル)

滅菌喀痰採取容器

貯蔵方法：室温

旧容器記号 XR

滅菌ポリスピッツ

貯蔵方法：室温

細菌検査採取方法

検査材料名または材料採取部位を必ず明記してください。
目的菌が淋菌、髄膜炎菌の場合は、保存してください。
嫌気性培養の検査材料は、嫌気ポーターに採取してください。
所要日数は目的菌等により異なりますので、ご了承ください。

嫌気ポーターの取り扱い方法

A. 液状検体の場合　(胸水、腹水、尿、穿刺液など)

B. 固形状検体の場合　(便、膿、組織など)

ヘリコバクター培養同定採取方法

シードチューブHPの取り扱い方法

１．採取した「胃生検組織」を直ちに採取容器 (C20) に入れ、黒線より下へ挿入してください。
２．検体は30分以内に保存し、当日中にご依頼ください。

環境検査採取方法

院内環境検査 (ふきとり法)

被検体の一定面積 (10cm×10cm通例) を eSwab105 レギュラーFLOQスワブに添付されている綿棒 (あらかじめ培地に刺して湿らせておく) にてよくふきとり再度培地に刺しご提出ください。

院内環境検査 (スタンプ法)

スタンプ培地 (C30) のキャップをとりはずし、培地面に手指など触れないよう注意し被検体の表面に培地面をかるく押しつけます。約5秒後再びキャップをしてご提出ください。

List of dedicated transport containers and transport media for microbiological tests

Category	Specimen	Specimen requirement (mL)	Collecting container
Oral cavity / Airway / Respiratory organs	Sputum	2 - 3	X00	Sterile sputum collection container
Oral cavity / Airway / Respiratory organs	Throat swab	As appropriate	VS1	Seed-Swab γ-1
Digestive organs	Stool	As appropriate	F01	Stool container with Cary Blair medium
	Bile	5 - 10	ARR	Sterile tube (10mL)
	Gastric juice	2 - 3	ARR	Sterile tube (10mL)
Urinary / Reproductive organs	Midstream urine	5 - 10	ARR	Sterile tube (10mL)
	Catheter urine	5 - 10	ARR	Sterile tube (10mL)
	vaginal secretion	As appropriate	VS1	Seed-Swab γ-1
	Pus	As appropriate	VS1	Seed-Swab γ-1
Blood / Aspirate	Venous blood	Optimum 8 - 10	CBG CBS	Blood culture bottle
	Arterial blood	Optimum 8 - 10	CBG CBS	Blood culture bottle
	Cerebrospinal fluid	2 - 3	C10	Anaerobic porter
	Pleural fluid	5 - 10	C10	Anaerobic porter
	Ascites	5 - 10	C10	Anaerobic porter
	synovial fluid	5 - 10	C10	Anaerobic porter
Other sites	Otorrhoea	As appropriate	VS2	Seed-Swab γ-2
	Eye discharge	As appropriate	VS1	Seed-Swab γ-1
	Skin	As appropriate	ARR	Sterile tube (10mL)
	Nail	As appropriate	ARR	Sterile tube (10mL)
	tissues	As appropriate	ARR	Sterile tube (10mL)
	Pus	As appropriate	C10	Anaerobic porter
Others	Environmental material	-	C30	Medium for stamp method (for hospital environmental test)
	Environmental material	-	VS1	Seed-Swab γ-1
	Gastric biopsy tissues	As appropriate	C20	Seed Tube HP (for culture and identifi cation of Helicobacter)
	Stool	1.0g	F00	Stool container

ARR　Previous container symbol r

Sterile polyethylene test tube

Storage conditions: Room temperature

C10　Previous container symbol n

C20　Previous container symbol n2

C30　Previous container symbol n3

CBG　Previous container symbol m1

CBS　Previous container symbol q1

F00　Previous container symbol U

Stool container

Storage conditions: Room temperature

F01　Previous container symbol d3

VS1　Previous container symbol k

VS2　Previous container symbol k1

X00　Previous container symbol l (Small letter L)

Sterile sputum collection container

Storage conditions: Room temperature

Collecting samples for bacteria testing

Make sure that sample is clearly labeled with the name of testing material or the harvest site.
If the target bacterium is Neisseria gonorrhoeae or Neisseria meningitidis, store them at room temperature.
Collect materials for the anaerobic culturing in an anaerobic porter.
Please note that the number of days required for testing varies depending on the target bacteria, etc.

Handling an anaerobic porter

(A) For a fluid specimen　(e.g., pleural fluid, ascites, urine, aspirate)

(B) For a solid specimen　(Stool, pus, tissues, etc)

Specimen handling methods for culture and identification of Helicobacter

Handling method of Seed Tube HP

1. Immediately after obtaining “ gastric biopsy tissues,” place it into a collecting container (C20) under the black line.
2. Place the sample in the storage within 30 minutes from sampling, and put in your request on the same day.

Collecting samples for environmental test for wiping

Hospital environmental test (wiping method)

Wipe an area (typically 10 × 10 cm) on the analyte with a cotton swab included in Seed Swab γ-1, which has been damped by placing it in a culture medium. Place it back in the culture medium before submitting for testing.

Hospital environmental test (stamping method)

Remove the cap from the stamp medium (C30), and gently press the surface of the medium onto the surface of the analyte, taking care not to touch the medium surface with a finger, etc. After approximately 5 seconds, replace the cap and send it in for testing.